Kira-kira 73% pulau adalah wilayah Indonesia; nama Indonesia untuk pulau itu, Kalimantan, digunakan dalam bahasa Inggeris untuk merujuk kepada wilayah yang dikuasai Indonesia.

Untuk memerangi penduduk terlalu banyak di Jawa, kerajaan Indonesia memulakan transmigrasi besar-besaran petani miskin dan petani tanpa tanah ke Borneo pada tahun 1970-an dan 1980-an, untuk menanam ladang-ladang yang tertanam, walaupun dengan sedikit kejayaan sebagai kesuburan tanah itu telah dihapuskan pokok-pokok dan tanah apa yang tersembunyi di dalam hujan tropika.

Projek Beras Mega telah dimulakan pada tahun 1996 di bahagian selatan Kalimantan. Matlamatnya adalah untuk menjadikan satu juta hektar hutan yang tidak produktif dan hutan paya gambut yang jarang dipanaskan menjadi sawah dalam usaha untuk mengurangkan kekurangan bekalan makanan Indonesia. Kerajaan membuat pelaburan besar dalam membina kanal pengairan dan mengeluarkan pokok-pokok. Projek ini tidak berhasil, dan akhirnya ditinggalkan setelah menyebabkan kerosakan yang besar terhadap alam sekitar.

Hutan paya gambut di selatan Kalimantan adalah ekologi yang luar biasa yang merupakan tempat tinggal bagi banyak spesies yang unik atau langka seperti orangutan, serta pokok-pokok berharga yang tumbuh dengan lambat. Hutan paya gambut adalah ekosistem dwi, dengan pelbagai pokok tropika yang berdiri di atas lapisan 10 hingga 12 m tanah gambut - sebahagiannya merosakkan dan bahan tumbuhan berair - yang pada gilirannya meliputi tanah yang kurang subur. Gambut adalah simpanan utama karbon. Sekiranya dipecahkan dan dibakar ia menyumbang kepada pelepasan CO2, dianggap sebagai sumber pemanasan global.[9]

The water channels, and the roads and railways built for legal forestry, opened up the region to illegal forestry. In the MRP area, forest cover dropped from 64.8% in 1991 to 45.7% in 2000, and clearance has continued since then. It appears that almost all the marketable trees have now been removed from the areas covered by the MRP.

Ternyata saluran-saluran mengalir hutan gambut daripada mengairi mereka. Di mana hutan sering banjir sehingga 2m dalam musim hujan, kini permukaannya kering sepanjang masa sepanjang tahun. Oleh itu, kerajaan telah meninggalkan MRP, tetapi gambut kering terdedah kepada kebakaran yang terus memecah skala besar-besaran.[10]

Selepas perparitan, kebakaran merosakkan kawasan itu, memusnahkan hutan dan hidupan liar dan pertanian baru, mengisi udara di atas Borneo dan melampaui asap tebal dan kabut dan mengeluarkan sejumlah besar CO2 ke atmosfera. Kemusnahan mempunyai kesan negatif yang besar terhadap kehidupan penduduk di kawasan itu. Ia menyebabkan masalah kesihatan yang berkaitan dengan asap di kalangan setengah juta orang, yang mengalami masalah pernafasan.[11]

Kemusnahan hutan gambut menyebabkan pencemaran asid sulfurik sungai. Pada musim hujan, terusan mengalirkan air berasid dengan nisbah sulfat piritik yang tinggi ke dalam sungai sehingga 150 km hulu dari mulut sungai. Ini mungkin merupakan faktor yang menyumbang kepada penangkapan ikan yang lebih rendah.[12]

Kajian bersama UK-Indonesia bersama industri perkayuan di Indonesia secara keseluruhan pada tahun 1998 menunjukkan bahawa kira-kira 40% dari kayu balak adalah haram, dengan nilai lebih dari $ 365 juta.[13] Anggaran yang lebih baru-baru ini, membandingkan penuaian undang-undang terhadap penggunaan domestik yang terkenal serta eksport, mencadangkan bahawa 88% pembalakan di negara ini adalah haram dalam beberapa cara.[14] Malaysia adalah negara transit utama untuk produk kayu yang ditebang secara haram dari Indonesia.[15]